Höchstädt liegt an einer alten Handelsstraße, die bereits im 11. Jahrhundert bestand und das Fichtelgebirge von Südwest nach Nordost durchquerte. Zu dieser Zeit entstanden zwei Adelssitze. Urkundlich wurde die Siedlung 1298 erstmals erwähnt. Höchstädt zählte zu den ersten Erwerbungen der Burggrafen von Nürnberg im späteren Sechsämterland, die im Amt Hohenberg/Wunsiedel zusammengefasst worden sind. Die Vorbesitzer waren wahrscheinlich die Herren von Hohenberg. Im Ort gab es zwei Rittergüter, die beide von den Burggrafen von Nürnberg, beziehungsweise den späteren Markgrafen zu Brandenburg zu Lehen gingen: Oberhöchstädt und Unterhöchstädt.
1398 belehnt Burggraf Johann der III. den aus einer alten egerländischen Reichsministerialenfamilie stammenden Peter Rorer mit sieben Höfen und drei Herbergen, die Nachkommen errichten ein neues Schlossgebäude in Oberhöchstädt, welches sie 1467 zu Lehen erhalten. 1559 verkaufen die Rorer ihr Gut an die aus Thüringen stammenden Herren von Witzleben. Im Dreißigjährigen Krieg wurde das Rittergut Oberhöchstädt weitestgehend zerstört und seine Besitzer kamen ihren Lehenspflichten nicht mehr nach. Deshalb wurde es durch Markgraf Christian zu Brandenburg-Kulmbach als verwirkt eingezogen und 1644 für 6200 Gulden an die Wunsiedler Hospitalstiftung verkauft. Von dieser wurden zumindest die Rittergutsgebäude im Jahr 1982 von der Familie Rohrer zurückerworben, so dass diese sich heute wieder in den Händen von Nachkommen der spätmittelalterlichen Besitzer befinden. Diese betreiben hier neben einer Kunstgalerie auch das Schlossmuseum Höchstädt.
Das Rittergut Unterhöchstädt befand sich um 1370 im Besitz der Familie von Uttenhofen, kam dann an die Niederadelsfamilie Santner und wurde 1413 von den ursprünglich von der Burg Rabeneck bei Waischenfeld in der Fränkischen Schweiz stammenden Herren von Rabenstein erworben. Diese waren bis 1534 im Besitz des Rittergutes, dann folgten ihnen die Herren von Haidenaab. Im Dreißigjährigen Krieg wurde auch Unterhöchstädt in arge Mitleidenschaft gezogen; 1668 gelangte das Rittergut an die Herren von Waldenfels, die das Schloss bis 1847 bewohnten. In der Nacht vom 1. zum 2. Mai 1879 brennt das untere, im Privatbesitz befindliche Schloss ab, die nebenstehende Kirche wird dabei stark beschädigt.
Die Evang.-Luth. Pfarrkirche Peter und Paul von 1887 wurde im neugotischen Stil erbaut und ist mit ihrem hohen, schmächtigen Turm mit achteckigem Spitzhelm über vier Giebeln ortsbildprägend. Während des zweiten Weltkriegs wird das Geläut abgehängt und für Kriegszwecke eingesetzt. Erst 1952 erhält die Gemeinde zwei neue Glocken, wodurch wieder ein Dreiklang zum Gottesdienst laden kann. Anlässlich der 700-Jahr-Feier der politischen Gemeinde Höchstädt erhielt Peter und Paul eine vierte Glocke.
Im Jahre 1791 war Höchstädt mit dem Markgrafschaft Bayreuth an Preußen gelangt. 1806 erfolgte die Besetzung durch französische Truppen, 1810 kam der Ort an Bayern. 1818 entstanden die Gemeinden Unter- und Oberhöchstädt, schon 1821 erfolgte die Vereinigung zur Gemeinde Höchstädt. Im Jahre 1923 erfolgte die Eingemeindung von Tännig, 1978 von Rügersgrün. 1995 wurde der Ortsname von Höchstädt bei Thiersheim in Höchstädt im Fichtelgebirge geändert.
Das Wappen der Gemeinde ist aus dem Wappen der Familie Rohrer (unterer Teil) und der Familie von Hohenzollern (schwarz-weiße Vierung) zusammengesetzt. Die Familie Rohrer ist wegen ihrer langen Tradition auf dem Schloss Oberhöchstädt vertreten. Die Familie von Hohenzollern herrschte 500 Jahre über das Sechsämterland, in dem Höchstädt liegt. Um an diese Verbindung zu erinnern, wurde die schwarz-weiße Vierung in das Wappen aufgenommen.
